ビクトリア湖の水面域のうちケニアに属する部分は一部に過ぎませんが、ケニアの集水面積はその割合をはるかに超えて水面流入量の33%を占め、年間で約4億7千万立方メートルに達します。大地溝帯には、複数の内部集水域があり、タンザニア国境のナトロン湖から、マガディ湖、ナイバシャ湖、トゥルカナ湖、エルメンテイタ湖、ナクル湖、ボゴリア湖、バリンゴ湖と連なる内水湖チェーンを形成しています。

これらの湖のアルカリ度はそれぞれに異なり、ナイバシャ湖は淡水ですが、マガディ湖は強度のアルカリ性を示しています。トゥエル川、ケリオ川、アシ-ガラナ-サバキ川、タナ川、北および南エワソ・ンギロ川は、国内の乾燥地域を長く縫うように流れていますが、トゥルカナ湖は、乾燥し収穫に適さない地域にありながら、（事実上の）淡水を大量にたたえている点で傑出しています。