最近改修されたナイロビ国立博物館は、ケニアの歴史と文化について詳しく知るのに適した場所です。現在のMuseum Hillでの建設は、政府が土地の確保を終えた1929年に始まりました。博物館は1930年の9月22日に正式にオープンし、かつてのケニア総督でUganda Natural History Society（ウガンダ自然史学会）の強力な支持者だったロバート・コリンドン卿の名前を冠してコリンドン博物館と命名されました。博物館のオープンに際して、この学会は多数の収集資料を博物館の施設に移しました。

この収集品の一部に基づいて、現在の植物標本の基礎が築かれました。1940年代の前半から1950年代にかけて、故ルイス・リーキー博士は博物館の展示室を増やす資金を公募しました。正面玄関の右側にある現在の展示室は、すべてこの募金によって建てられました。

これらの展示室には、その建設資金を寄付したナイロビの地域メンバーにちなんだ名前が付けられています。今日でも、マハトマ・ガンジーやアガ・カーン、チャーチルの名前をホールと展示室の名前に見ることができます。1960年代の前半には、ケニアの蛇と主要な爬虫類について国民を啓蒙するためにナイロビ・スネーク・パークが建てられました。このスネーク・パークは、今でも国立博物館の大きな魅力となっています。

コリンドン博物館は、1964年にケニア国立博物館に名称が変更されました。1969年、国立博物館はナイロビを越えたサービスと資産の拡充に着手し、キタレ、メルー、キスム、ラム、フォート・ジーザス（モンバサ）に博物館を設立しました。さらに、Institute of Primate Research（霊長類研究所）も国立博物館と密接に連携しています。各地域の博物館はそれぞれ個性をもち、独自のプログラムを作成し、Regional Museums, Sites & Monuments（地域の博物館、遺跡および記念物）部門の管理下で運営されています。

1969年以降、国立博物館は多様な発展を遂げてきました。1976年にはリーキー記念館がオープンし、管理、考古学、古生物学の各部門が置かれました。この建物には、博物館のさまざまな催し物に使用する約300人の収容能力をもつ講堂もあります。この頃には、研究開発プログラムも作成および開始されました。

研究開発の一環として、ナイロビ大学およびアフリカ研究所（Institute of African Studies）との連携による民俗学と文化人類学の研究が行われました。教育部門は、博物館を毎年訪問する数千人の学校生徒を対象にしたプログラムを開始しました。鋳造部門は、発見された重要な化石の複製品を研究と展示のために全世界の博物館に販売しています。